เนื้อเรื่อง ของ แบทเทิลเน็ตเวิร์ค ร็อคแมนเอ็กเซ่ 2

หลังจากการต่อสู้กับ WWW (เวิลด์ทรี) สิ้นสุดลง เป็นเวลา 3 เดือน ก็เกิดกลุ่มองค์กรก่อการร้ายกลุ่มใหม่ขึ้นมา และในช่วงนั้นเป็นช่วงวันหยุดฤดูร้อนของโรงเรียน ซึ่งเหตุการณ์ครั้งนี้จะเกิดขึ้นในระหว่างประเทศอีกด้วย